Le film commence alors que la sénatrice est depuis quelque temps menacée et à plusieurs reprises quelqu'un a attenté à sa vie. Quand elle arrive à Coruscant pour se rendre jusqu'au sénat, elle réussi à éviter une autre tentative d'assassinat. Le chancelier Palpatine, inquiet, demande au conseil des Jedis de s'occuper de sa protection. Obi Wan Kenobi (le maître) ainsi qu'Anakin Skywalker (le padawan) sont chargés par le conseil de cette escorte. Une nouvelle tentative de meurtre est déjouée et lorsque les Jedis poursuivent le fugitif, ce dernier se fait tuer par une flechette empoisonnée.

Suite à cet incident, le conseil des Jedi demande à Obi Wan de partir pour enquêter sur ces attaques frequentes et confie à Anakin la mission de protéger Padmé et de l'escorter jusqu'à sa planète natale, Naboo. La sénatrice demande alors à Jar Jar Binks de la remplacer au sénat pendant son absence. Obi Wan part enquêter sur la fléchette empoisonnée, qui fut utilisée sur le fugitif, chez son vieil ami Dexter qui lui confie que ce genre d'arme provient de la "planète des cloneurs", située au delà de la bordure extérieure sur Kamino. Les explications de Dexter semblent de prime abord très précises mais pourtantObi-Wan ne trouve aucune trace de cette planète dans les archives ou dans les cartes. Sur les conseils de Yoda, Obi Wan part sur un trajet censé le mener à Kamino pour poursuivre son enquête.

Pendant ce temps, sur la planète Naboo, Padmé et Anakin sont arrivés. Anakin ne tarde pas à avouer ses sentiments amoureux envers la sénatrice qui le repousse à cause de leurs situations à tous les deux, Jedi apprenti et personne politique haute placée. La nuit venue, le jeune Skywalker fait une fois de plus des rêves étranges à propos de sa mère laissée sur la planète Tatooine. Tous ressemblent à un appel prémonitoire signifiant un "à l'aide désespéré" de la mère au fils. Malgré les consignes du Conseil des Jedi et d'Obi Wan, Anakin part sur la planète Tatooine accompagné de Padmé afin de retrouver sa mère.

Pendant ce temps, Obi Wan amerri à Kamino, la planète océan, et découvre une armée de clones, armée soit-disant commandée par le Conseil des Jedis 10 ans auparavant. Cette grande armée a été clonée à partir de Jango Fett, un chasseur de prime. Ce chasseur demanda en contreparti que l'on créer un clone parfais de lui qui grandira a vitesse humaine. Il considerera ce dernier comme son fils et l'appellera Boba Fett. A la suite de son entrevue avec le chasseur de prime, Obi Wan décide d'envoyer un message au Conseil. Le Conseil lui demande de suivre Jango Fett. Le chasseur de prime ne se laisse pas facilement suivre et, à la suite d'une dangereuse course poursuite a travers des astéroïdes et des charges soniques lancées par Jango, le maître Jedi atterrit sur la planète Géonosis. En se faufilant discrètement il apprend que c'est le vice-roi de la Fédération du Commerce qui souhaite prendre possession de l'armée de clones et que c'est aussi lui qui désire la mort de la sénatrice Amidala par l'intermédiaire du comte Dooku. Alerté par ce qu'il venait d'apprendre il envoie un message à son padawan sur Tatooine mais il sera interrompu en cours de route et sera fait prisonnier.

A ce moment, Padmé et Anakin étaient allés trouver Watoo, l'ancien maître d'Anakin. Le vieux marchand leur apprend que Shmi, la mère d’Anakin, a été vendue à un cultivateur d'humidité (en quelque sorte, créateur d'humidité sur une planète aride) nommé Clieg Lars, qu'il l'aurait affranchi et qu'il l'aurait épousée. Le jeune Jedi part donc avec la sénatrice à la rencontre de sa mère à l'endroit indiqué par Watoo. Sur place, ils retrouvent C-3PO en train de faire le travail de Clieg Lars qui les mène au cultivateur. Ce dernier leur apprend que Shmi a été enlevée un mois auparavant par des barbares de la région, les Chasseurs du Désert. Anakin part sauver sa mère en confiant Padmé aux bons soins de son beau-père.

A la nuit tombée, il arrive sur les lieux du campement des barbares. Il se faufile discrètement et découvre sa mère, sévèrement battue, qui finira par mourir dans ses bras. Il ressent alors une telle souffrance que Yoda, à l'autre bout de la galaxie, la ressent à son tour. Sur le coup de la colère il extermine la totalité du campement dans un combat affreusement violent, élément normalement interdit par le code Jedi. Il s'empare du corps de sa mère et la ramène auprès de son mari. Le lendemain matin, son enterrement est célébré. Un petit enterrement très digne à quelques dizaines de mètres de sa maison. A la fin de la cérémonie, R2D2 arrive et est porteur du message laissé par Obi Wan.

De retour au vaisseau, Anakin et Padmé apprennent que le Maître Jedi a des ennuis sur la planète Géonosis. Ils transmettent le message au Conseil des Jedi. Yoda décide d'aller à son tour sur Kamino afin de voir cette fameuse armée de clones. Anakin et Padmé, quand à eux décident de se porter au secours d'Obi Wan.

Pendant ce temps, à Coruscant, Jar Jar Binks, qui remplace la sénatrice pendant son absence, propose au sénat de donner les pleins pouvoirs au chancelier Palpatine. Le sénat accepte et la première injonction du chancelier est la création d'une grande armée de la république.

A peine arrivés sur Géonosis, Padmé et Anakin commencent à se battre dans une usine de construction de droïds de combat. C-3PO tombe dans la chaîne de production et se fait en partie assembler avec des droïds. On apprend aussi que R2D2 vole. Après s'être bien battu, le jeune Jedi et la sénatrice sont capturés et conduits dans l'enceinte de leur exécution où Obi Wan est déjà séquestré. Padmé, pensant à sa mort future, avoue ses sentiments à Anakin et leur couple se forme. Le maître Jedi, son padawan et la jeune sénatrice sont attachés au centre d'une arène où des fauves sont lâchés. Ils arrivent à se défaire de leurs liens et commencent à se battre avec les fauves. C'est à ce moment que Mace Windu, le maître Jedi siégeant au conseil, fait irruption dans la loge présidentielle où se trouve le comte Dooku, le vice au roi, Jango Fett et d’autres séparatistes.

Les Jedis font leur entrée dans l'arène et aident les 3 prisonniers. Les droïdes s'élancent dans l'arène à leur tour et une bataille débute. Pendant la bataille, R2 répare 3PO et part avec lui. Les Jedis se retrouvent rapidement en infériorité numérique mais ne désespèrent pas. Au moment où la bataille tourne en faveur des droïds, Yoda débarque avec l'armée de clones dont il venait de prendre la possession sur Kamino et fait basculer la bataille en faveur des Jedis. Dooku s'enfuit dans son repère pour récupérer les plans de son arme secrète. Cette arme secrète ne sera autre que l'étoile de la mort, la base de combat de l'empire dans un futur proche.

Anakin et Obi Wan retrouvent la trace de Dooku dans son repère et un combat s'engage. Anakin trop fougueux, s'élance dans la bataille et se fait étaler. Obi Wan prend le relais et à son tour mord la poussière. Le jeune Skywalker se relève et se saisit de son sabre ainsi que de celui de son maître. Il reprend le combat à deux sabres ce coup-ci mais ses efforts seront infructueux et il perdra son bras droit dans le duel. Yoda fait alors son entrée et affronte son ancien padawan. Yoda est très agile et possède une force incroyable.

Tout ne se terminera pas là et comme le dit le très sage maître Yoda :"De débuter vient juste la guerre des clones...". Mais la suite, ce sera à vous de l'apprendre grâce a la suite de ce travail.